欢迎光临亿德体育电子科技有限公司官网! 专注静电安全防护
企业首选供应商专注于静电设备制造商
全国咨询热线:4000218339
联系我们
亿德体育电子科技有限公司
全国免费服务热线:4000218339
手机:13916248339
邮箱: 亿德体育
地址 :总公司:上海市闵行区景联路398号 江苏工厂:昆山市模具城材料制造区17栋 江西工厂:江西省莲花县琴亭工业园B栋3层
联系人:邓先生
您的位置: 首页 > 新闻中心
新闻动态

英特尔oneAPI赋能GROMACS 2022,推动开源药物的研发_亿德体育|官网

时间:2022-08-01 13:11:54 来源: 亿德体育 点击: 亿德体育

“GROMACS凭仗英特尔oneAPI开放的编程和多架构东西进行加快,并在基在英特尔Xe架构的GPU上运行,揭示出色机能。

英特尔致力在培养一个开放的生态系统,包罗为很多开源项目做出手艺进献,这些项目都对实际世界发生了直接影响。GROMACS就是此中的一个例子,它是一个份子动力学软件包,用在摹拟设计新药物的卵白质、脂质和核酸。比来发布的GROMACS 2022利用SYCL和oneAPI进行开辟,在多种架构上运行揭示出出色的机能,包罗基在英特尔Xe架构的GPU。

英特尔并行软件工程师Roland Schulz暗示:“GROMACS是世界上利用最普遍的开源份子动力学利用之一。缘由很简单,借助该利用进行的摹拟,能帮忙我们更好地领会小到体内的卵白质,年夜到宇宙星系的份子动态。值得留意的是,我们与GROMACS的合作,即便用oneAPI进行开辟和优化,让英特尔介入到药物研发的重猛进展中,并扩大了GROMACS跨多个计较架构的开放式开辟。这一切都是在与我们很是器重的开源社区合作时实现的。”

GROMACS的份子动力学摹拟由oneAPI供给手艺撑持,与国际散布式计较项[email protected]等项目一路,为肯定针对乳腺癌、新型冠状肺炎、2型糖尿病等疾病要害药物的解决方案做出了进献。在现代药物研发中,份子动力学摹拟获得了普遍而成功地利用。这些摹拟为研究人员供给了所需的生物年夜份子布局信息,以领会布局与功能关系,用在指点药物研发和设计进程。像GROMACS如许的计较东西,在药物研发方面的利用,有助在研究人员更有用地设计和评估新药的同时,节流资本。

斯德哥尔摩年夜学和瑞典皇家理工学院的GROMACS研发团队在生物物理学传授Erik Lindahl的率领下,引领着GROMACS份子动力学东西包的开辟,这是世界上利用最普遍的高机能计较利用之一。份子动力学以计较为中间,而且频仍迭代,这让它成为最耗时的高机能计较利用之一。数十亿次的计较会触及数百万行的代码。

oneAPI作为一种开放、同一的编程模子,用在CPU和加快器,并撑持多个厂商的计较机架构,这帮忙Lindahl传授和他的团队扩大了GROMACS对异构硬件的撑持。这得益在利用跨架构、跨厂商的开放尺度从而提高了出产力。基在这些尺度,oneAPI编程简化了软件的开辟流程,无需特定的编程说话或供给商,就可以供给加快计较的机能,同时答应集成现有代码,包罗OpenMP。

作为oneAPI优化工作的一部门,Lindahl的团队经由过程利用英特尔® DPC++兼容性东西(英特尔® oneAPI根本东西包的一部门),将GROMACS中只能在Nvidia硬件上运行的CUDA代码,迁徙到SYCL,该东西凡是能主动履行90至95%的代码迁徙工作1,2。这答应其团队建立一个新的、自力可迁徙的跨架构代码库。这极年夜简化了开辟工作,并为多架构情况的摆设供给矫捷性。

Lindahl暗示:“凭仗GROMACS 2022对SYCL和oneAPI的周全撑持,我们扩大了GROMACS,使其可以在新型硬件上运行。经由过程英特尔® DevCloud,我们已在当前基在英特尔Xe架构的GPU,和行将推出基在英特尔Xe架构的GPU开辟平台Ponte Vecchio上,运行了出产摹拟。这一阶段获得的机能成果使人印象深入,证实了英特尔软硬件协同合作的气力。总而言之,这些优化实现了硬件的多样性,供给了高端机能,并鞭策了竞争和立异,让我们能更快地展开科学研究,并下降下流财产的本钱。”

经由过程利用英特尔oneAPI跨架构东西进行优化,例如oneAPI DPC++/C++编译器、oneAPI库和高机能计较阐发和集群东西,GROMACS实现了加快计较,oneAPI东西可在英特尔® DevCloud中获得。英特尔® DevCloud是一个免费情况,可以在各类英特尔架构如CPU, GPU, FPGA上,开辟和测试代码。

关在GROMACS:GROMACS是一个通用的软件包,用在对具稀有百万个粒子的系统,进行基在牛顿活动方程式的份子动力学摹拟。GROMACS首要用在生物化学份子,如卵白质、脂质和核酸等,这些份子具有多种复杂的键合彼此感化。因为GROMACS在计较典型的摹拟利用,如计较非键合彼此感化方面具有很是快的速度,是以很多科研人员将其用在非生物系统的研究,例如聚合物。

关在oneAPI:oneAPI供给一个开放、同一的跨架构编程模子,旨在简化跨多架构的开辟(如CPU、GPU、FPGA和其它加快器)。oneAPI闪开发者在一个开放、基在尺度的编程情况中,打破基在单个厂商的封锁式编程模子的限制,为加快计较供给超卓机能,而且答应代码延续迭代。

关在英特尔与[email protected]的合作:GROMACS是[email protected]散布式计较项目标基石,旨在经由过程摹拟卵白质的动力学,帮忙科学家为各类疾病开辟新的诊疗方式。进行这些具有挑战性的份子动力学摹拟,需要一种称为强扩大的流程,在药物研发进程中成功地摹拟原子。英特尔能经由过程进步前辈的软件手艺东西和代码优化撑持GROMACS,进而撑持亿德体育|官网[email protected],帮忙供给高效、高机能的异构编程。经由过程供给需要的计较能力,这终究将助力开辟者和科学家完成壮大的缩放。固然该项目还没有采取GROMACS 2022,但已最先打算转换代码,为行将推出的英特尔Xe架构GPU做好跨架构的预备。

更多资料请拜候:利用oneAPI推动GROMACS|经由过程GROMACS理解我们的世界|跨异构架构迁徙GROMACS|赋能开辟者,英特尔发布oneAPI 2022东西包|英特尔oneAPI东西包|解码英特尔的软件优势

留意事项与免责声明:

1该团队把GROMACS的Nvidia CUDA代码迁徙到Data Parallel C++ (DPC++),后者是oneAPI的一个SYCL实行,旨在建立新的跨架构代码。

2英特尔预估,截至2021年9月。基在对一套70个HPC基准测试和样本的丈量,例如Rodinia、SHOC、PENNANT等。测试成果可能有所差别。

机能因利用、设置装备摆设和其它身分而异。如需领会更多信息,请前去www.intel.com/PerformanceIndex。测试成果可能有差别。

机能成果基在设置装备摆设中显示的日期进行测试,且可能并未反应所有公然可用的平安更新。

没有任何产物或组件是绝对平安的。

现实本钱与测试成果可能有所差别。

英特尔手艺可能需要撑持的硬件、软件或办事激活

英特尔不节制或审计第三方公司的数据。您应当咨询其他来历以评估其正确性。

声明:本网站原创内容,如需转载,请注明出处;本网站转载的内容(文章、图片、视频)等资料版权归原网站所有。如我们采取了您不宜公然的文章或图片,未能和时和您确认,避免给两边造成没必要要的经济损掉,请电邮联系我们,以便敏捷采纳恰当处置办法;接待投稿,邮?a class="__yjs_email__" href="/cdn-cgi/l/email-protection" data-yjsemail="4ca8eff629282538233e3f0c292f2f22622f2321">[email protected]。